Jacques Philippe schloss 1978 sein Medizinstudium in Genf ab und absolvierte dann eine Ausbildung in der Inneren Medizin an den HUG, der Universität Tennessee und in Harvard, wo er sich auf Endokrinologie und Diabetologie spezialisierte.
Nach seiner Rückkehr nach Genf 1988 gründete er ein Labor in der Abteilung für Mikrobiologie der Medizinischen Fakultät und nahm seine Tätigkeit in der Abteilung für Diabetologie der HUG auf.
Im Jahr 1994 wurde er zum Stationsarzt in der neuen Abteilung für Endokrinologie und Diabetologie ernannt, deren Leitung er 1998 übernahm. Seine Forschungsschwerpunkte liegen in der Expression und Regulation von Insulin- und Glucagon-Genen, genetischen Defekten bei Diabetes und der Transplantation Langerhans’scher Inseln.
Er erhielt zahlreiche Auszeichnungen, darunter den Cloëtta-Preis sowie Preise der Harvard Capps Foundation, der Diabetes Research and Education Foundation, der Schweizerischen Diabetes-Stiftung und der Schweizerischen Gesellschaft für Allgemeine Innere Medizin. Er war darüber hinaus Präsident der von ihm mitbegründeten Schweizerischen Gesellschaft für Endokrinologie und Diabetologie und der Genfer Ärztegesellschaft sowie Vorstandsmitglied der European Association for the Study of Diabetes (EASD) und der Société francophone du diabète.
Er wurde 1995 zum ausserordentlichen Professor und 1998 zum ordentlichen Professor ernannt. Von 2003 bis 2011 war er zudem Vizedekan für Forschung und von 2013 bis 2018 Präsident des Kollegiums der Abteilungsleiter der HUG.
Heute ist er Arzt am Zentrum für Ernährung und Stoffwechselerkrankungen der Nescens Clinique de Genolier.